lint 的「source_ref 不在 manifest」只報對不上、不辨成因。diag_refs 把每個 對不上的 source_ref 分成五類(hash 不符/路徑字串岔開/檔名 hash 後綴岔開/ 檔在磁碟未登記/完全無對應),各附修法,讓「補帳本(§14.3)」與「修規則 (§12)」的相反處置不再混為一談。純唯讀、結束碼 0/1,可當搬機或改 manifest 後的閘門。附 selfcheck 驗五型別分類、結束碼與零寫檔。README §3.3/§6/§7/§8 同步。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>