feat: diag_refs 對帳診斷 + ingest 進度可見性/Ctrl-C 安全 (Closes #2) (#5)

## 摘要

本 PR 含兩個獨立關注點,各一 commit。

### 1. `diag_refs` — source_ref↔manifest 對帳診斷 (`04f4fd5`) — 回應 #4

lint 的「source_ref 不在 manifest」只報對不上、不辨成因。新增 `tools/diag_refs.py`,把每個對不上的 source_ref 分成五類(hash 不符／路徑字串岔開／檔名 hash 後綴岔開／檔在磁碟未登記／完全無對應),各附修法,讓「補帳本(§14.3)」與「修規則(§12)」的相反處置不再混為一談。純唯讀、結束碼 `0/1`,可當搬機或改 manifest 後的閘門。附 selfcheck 驗五型別分類、結束碼與零寫檔。README §3.3/§6/§7/§8 同步。

### 2. ingest 進度可見性 + Ctrl-C 安全回復 (`4add7fa`) — Closes #2

`--all-pending` 長時間本地 Ollama 攝入全程靜默,使用者不確定有沒有在跑、又不敢中斷:

- **進度可見**:每份來源 `[i/N]`、長文件逐段 `分段 k/n`、每個 item `↳ 新增/更新`、完成 `✓`,全 `flush=True` 即時顯示。
- **Ctrl-C 安全**:獨立攔 `KeyboardInterrupt`(它不是 `Exception` 子類,原本會略過善後)。因 commit 在迴圈之後,**main 必然未受影響**;中斷時印可照做的回復指令並以結束碼 130 收場。

## 測試

- `python tools/selfcheck_diag_refs.py` — ALL PASS
- `python tools/selfcheck_ingest.py` — ALL PASS(含進度標記、中斷後 main 未動、回復指令實測可回乾淨 main)
- README markdownlint 0 issues

Closes #2

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.com/claude-code)

Co-authored-by: LittleYellow <crazytea@gmail.com>
Reviewed-on: #5

tools/ingest.py

@@ -123,6 +123,8 @@ def summarize(cfg, filename, text):
         parts = split_chunks(text, limit)
         partials = []
         for i, part in enumerate(parts, 1):
+            # 長文件的分段迴圈是最容易「長時間靜默」的地方（issue #2）：逐段回報進度
+            print(f"    分段 {i}/{len(parts)} …", flush=True)
             obj, _ = kb.llm_json(cfg, "ingest",
                                  CHUNK_PROMPT.format(i=i, n=len(parts), content=part),
                                  validate_chunk)
@@ -170,14 +172,16 @@ def upsert_item(root, cfg, item, source_ref, today, changed):
         if source_ref not in meta["sources"]:
             meta["sources"].append(source_ref)
         existing.write_text(kb.dump_page(meta, obj["updated_markdown"]), encoding="utf-8")
-        changed.append(f"更新 {existing.relative_to(root).as_posix()}")
+        msg = f"更新 {existing.relative_to(root).as_posix()}"
     else:
         p = root / kb.PAGE_DIRS[item["type"]] / f"{slug}.md"
         meta = {"type": item["type"], "title": item["title"],
                 "description": item["description"], "tags": item["tags"],
                 "timestamp": today, "sources": [source_ref], "status": "draft"}
         p.write_text(kb.dump_page(meta, item["facts_markdown"]), encoding="utf-8")
-        changed.append(f"新增 {p.relative_to(root).as_posix()}")
+        msg = f"新增 {p.relative_to(root).as_posix()}"
+    changed.append(msg)
+    print(f"    ↳ {msg}", flush=True)
 
 
 # ---------- git ----------
@@ -240,7 +244,7 @@ def main(argv=None):
         skipped = [t for t in targets if conv[t]["sha256"][:8] in done]
         targets = [t for t in targets if conv[t]["sha256"][:8] not in done]
         for t in skipped:
-            print(f"skip: {t} 已有 summary 引用（--force 可重跑）")
+            print(f"skip: {t} 已有 summary 引用（--force 可重跑）", flush=True)
     if not targets:
         print("沒有待攝入的來源。")
         return
@@ -261,21 +265,24 @@ def main(argv=None):
     run_git(root, "checkout", "-q", "-b", branch)
     ok, failed, changed = [], [], []
     try:
-        for t in targets:
+        for i, t in enumerate(targets, 1):
             try:
+                print(f"[{i}/{len(targets)}] 攝入 {t} …", flush=True)
                 text = (root / t).read_text(encoding="utf-8")
                 sha8 = conv[t]["sha256"][:8]
                 source_ref = f"{t}#{sha8}"
                 obj, model = summarize(cfg, pathlib.Path(conv[t]["original_path"]).name, text)
                 p = write_summary_page(root, obj, source_ref, sha8, today)
-                changed.append(f"新增 {p.relative_to(root).as_posix()}")
+                msg = f"新增 {p.relative_to(root).as_posix()}"
+                changed.append(msg)
+                print(f"    ↳ {msg}", flush=True)
                 for item in obj["knowledge_items"]:
                     upsert_item(root, cfg, item, source_ref, today, changed)
                 ok.append((t, model))
-                print(f"ingested: {t}（model={model}）")
+                print(f"  ✓ {t} 完成（model={model}）", flush=True)
             except Exception as e:
                 failed.append((t, e))
-                print(f"error: {t}: {e}", file=sys.stderr)
+                print(f"  ✗ {t}: {e}", file=sys.stderr, flush=True)
         if not ok:
             run_git(root, "checkout", "-q", "main")
             run_git(root, "branch", "-q", "-D", branch)
@@ -297,6 +304,16 @@ def main(argv=None):
         print(f"完成：{len(ok)} 成功、{len(failed)} 失敗。變更在分支 {branch}，經 PR 審核後合併。")
     except SystemExit:
         raise
+    except KeyboardInterrupt:
+        # KeyboardInterrupt 不是 Exception 子類，會略過下方善後——故獨立攔截。
+        # 中斷時尚未 commit（commit 在迴圈之後），main 必然未受影響；給一條可照做的回復路徑。
+        print(f"\n已中斷（Ctrl-C）。main 未受影響——本次半成品都在分支 {branch}、尚未 commit。\n"
+              f"回到乾淨的 main：\n"
+              f"  git checkout main && git stash -u && git branch -D {branch}\n"
+              f"（git stash -u 收起分支上未提交的半成品含未追蹤頁面；確定不要再 git stash drop）\n"
+              f"續跑 python tools/ingest.py --all-pending 會自動從尚未攝入的來源接續。",
+              file=sys.stderr, flush=True)
+        raise SystemExit(130)
     except Exception:
         print(f"攝入中斷。目前在分支 {branch}，工作區可能有未提交變更，"
               "請人工檢查（不自動清除以免遺失資料）。", file=sys.stderr)